土地使用权出让的方式有三种：协议、招标、拍卖。在这三种方式中，招标和拍卖具有公开性、竞争性，一般不存在低价出让国有土地使用权的现象；协议出让由于没有引入竞争机制，土地由谁使用，特别是土地出让金的确定，具有主观因素。非法低价(包括无偿)出让主要发生在以协议方式出让土地的行为上，因此规范协议出让最低价标准至关重要。
首先，仅按不同用途，基准地价的一定比例确定的协议出让最低价标准，无法满足不同土地情况出让地价的需要，难于操作，致使有些地方公布的协议出让最低价标准形同虚设。第二，具体出让地块地价内涵往往与协议出让最低价地价内涵不一致，二者不具有可比性，若以此确定协议出让土地让金，既有可能导致国有土地资产流失，也往往会出现侵犯原土地使用者权益的情况。第三， 根据国土资源部《关于改革土地估价结果确认和土地资产处置审批办法的通知》，划拨土地使用权价格可作为企业权益计入企业资产，划拨土地需转为有偿使用土地的，按出让土地使用权价格与划拨土地使用权价格差额部分核算出让金，这已不大适用于按上述文件规定确定的协议出让最低价标准。