对于企业取得代扣代缴个人所得税手续费收入的会计处理方法，目前有三种观点，即：记入往来款项、记入“其他业务收入”和记入“营业外收入”。
第一种观点认为，该项收入是用于奖励单位专门从事代扣代缴工作的办税人员的，所以其收支应该通过往来款项核算。这种观点是不恰当的，因为单位取得的个人所得税代扣代缴手续费收入并不完全用来奖励具体办税人员的。
根据《个人所得税代扣代缴暂行办法》(国税发［1995］65号)规定，手续费收入可用于代扣代缴费用开支和奖励代扣代缴工作做得较好的办税人员，而并不是完全用于奖励办税人员。同时，《关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》(财行［2005］365号)也明确规定，单位所取得的手续费收入应单独核算，计入本单位收入，用于“三代”管理支出，也可以适当奖励相关工作人员。据此，该项收入不应计入往来款项，而应计入单位收入。
代扣代缴手续费是企业提供了一定劳务后取得的收入。企业只要正常履行了代扣代缴义务，该经济利益就可以确定获得。又由于手续收入的比例是确定的，从而该经济利益也是可以计量的，因而它符合劳务收入的确认原则。基于此，对于手续费收入，企业应记入“其他业务收入”，而非“营业外收入”。相应地，有关代扣代缴费用开支和对代办人员的奖励支出也应记入“其他业务支出”。
手续费收入对于单位来说，主要涉及流转税和企业所得税。流转税方面，该项收入实际上是企业提供了一定的劳务而取得的收入，因此应按照营业税中“其他服务业”的税目，按5％的税率交纳营业税；所得税方面，该手续费不仅在会计上应作为收入核算，在税法上，也应并入企业应纳税所得额，缴纳企业所得税(参考财行［2005］365号)。另外，《关于代扣代缴储蓄存款利息所得个人所得税手续费收入征免税问题的通知》(国税发［2001］31号)规定，对于储蓄机构取得的手续费收入，应按照规定交纳营业税和所得税。